Muzeul este deschis vizitatorilor din 1875. Ca instituţie ştiinţifică, Muzeul Naţional Secuiesc şi-a propus cercetarea şi prezentarea comunităţii şi a memoriei culturale regionale din Ţinutul Secuiesc. Data care figurează în ştampila muzeului, 1879, reprezintă anul în care instituţia a devenit bun public al comunităţii secuieşti. În prezent funcţionează ca muzeu regional finanţat de Consiliul Judeţean Covasna şi constituie un important obiectiv turistic al acestui judeţ, cât şi al întregului Ţinut Secuiesc.
Clădirile Muzeului, proiectate de Károly Kós, aflate pe strada cu acelaşi nume din municipiul Sfântu Gheorghe găzduiesc biblioteca, secţia de ştiinţele naturii, cea de arheologie-istorie şi cea de etnografie. În afara acestor secţii, mai aparţin de complexul muzeal şi câteva unităţi externe cu sediul în Sf. Gheorghe (Galeria de artă) şi în judeţ (Tg. Secuiesc, Cernat, Baraolt şi Zăbala).
I. Secţiile interne
1. Biblioteca
Alături de biblioteca de specialitate, extrem de utilă în munca de cercetare şi documentare a instituţiei, secţia gestionează colecţii de carte veche, arhiva presei de epocă şi alte colecţii speciale. Cel mai valoros obiect, Codicele Apor conţine psalmi din prima traducere maghiară a Bibliei (sec. al XV-lea). Traducerea amintită este a patra după vechime în rândul operelor literare maghiare păstrate.
2. Secţia de ştiinţele naturii
Deţine peste 60.000 de obiecte, printre care una din cele mai reprezentative colecţii paleontologice de mamifere pliocene şi cuaternare din Europa Centrală şi de Est, una din cele mai mari colecţii de ciuperci din România şi colecţia de fluturi „Diószeghy” cu peste 23.000 exemplare. De numele specialistului entomolog din această secţie se leagă descoperirea unor specii noi pentru ştiinţă.
3. Secţia de arheologie-istorie
Colecţiile de arheologie numără peste 50.000 de obiecte. Muzeul s-a făcut cunoscut în primul rând datorită cercetării culturii neolitice-eneolitice Ariuşd. Expoziţia de bază arheologică prezintă cultura materială a regiunii pe o durată de 35.000 de ani.
Colecţiile de istorie cuprind, între altele, mărturii privind rolul militar al secuimii în evul mediu, relicve paşoptiste, mobilă şi sticlă de valoare considerabilă din punct de vedere al istoriei culturii şi civilizaţiei din această zonă.
4. Secţia de etnografie
Deţine peste 15.000 de obiecte, între care broderii domneşti din sec. XVII–XVIII, de o bogăţie unică în Transilvania, o importantă colecţie de cahle şi de ceramică, mobilă veche sculptată sau pictată, respectiv colecţia jucăriilor populare tradiţionale. O expoziţie în aer liber prezintă, alături de porţi secuieşti şi stâlpi funerari sculptaţi, o casă veche (1767) din zona Ciuc, mobilată parţial cu piese originale.